Arrêts de travail : les nouvelles règles depuis le 1er septembre 2026

La règle est passée relativement inaperçue au cœur de l'été, mais elle change une habitude bien ancrée dans la gestion des absences. Depuis le 1er septembre 2026, les arrêts de travail prescrits par les médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes sont plafonnés dans leur durée. Deux décrets publiés au Journal officiel du 13 juin 2026, pris en application de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, viennent encadrer aussi bien la prescription initiale que son renouvellement.

Les nouveaux plafonds

Concrètement, un premier arrêt de travail ne peut plus dépasser 31 jours. En cas de prolongation, la nouvelle limite est fixée à 62 jours. Ces durées ne sont pas arbitraires : elles reprennent la logique déjà en vigueur pour d'autres types d'arrêts et visent à harmoniser les pratiques de prescription sur le territoire, où les écarts pouvaient jusqu'ici être importants d'un praticien à l'autre.

Une dérogation reste possible

Le plafond n'est pas un couperet automatique. Le texte prévoit explicitement qu'un professionnel de santé peut prescrire un arrêt plus long lorsqu'il l'estime médicalement nécessaire au regard de la situation du patient. Cette décision doit être justifiée et peut s'appuyer sur les recommandations de la Haute Autorité de Santé. Les pathologies lourdes ou les parcours de soins prolongés ne sont donc pas mécaniquement coupés au bout d'un mois.

Le contrôle médical entre en jeu après trois mois

Autre nouveauté : lorsqu'un arrêt a fait l'objet de renouvellements cumulant trois mois, le prescripteur peut désormais solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'Assurance Maladie. L'objectif affiché est de sécuriser les arrêts longs plutôt que de les remettre en cause, en objectivant leur justification médicale à un stade plus précoce qu'auparavant.

Un changement notable pour un cas particulier

Le même décret supprime au passage une limite qui ne concernait qu'une population bien précise : celle des arrêts prescrits par une sage-femme dans le cadre d'une interruption volontaire de grossesse par voie médicamenteuse, jusqu'ici plafonnés à quatre jours renouvelables une fois. Cette restriction disparaît à compter du 1er septembre 2026.

Ce que ça change pour l'employeur

Sur le fond, la mécanique de gestion des IJSS et de la subrogation ne change pas. Ce qui évolue, c'est la lecture des arrêts reçus : un arrêt initial de plus de 31 jours ou une prolongation dépassant 62 jours ne doit plus surprendre les services RH, dès lors qu'il s'accompagne d'une justification médicale. Ça peut aussi être l'occasion de rappeler aux managers la procédure à suivre en cas de doute sur un arrêt, via la contre-visite médicale, plutôt que de contester la durée elle-même.

Les dates à retenir

• 13 juin 2026 : publication des décrets au Journal officiel
• 1er septembre 2026 : entrée en vigueur des nouveaux plafonds et de la procédure de contrôle médical à trois mois